清康熙、乾隆年間，朝廷派兵屯駐巴里坤、哈密、吐魯番，多次出兵討伐準噶爾。當時除隨軍來的有部分陜甘回族兵丁外，還有隨軍差役及趕車吆驢運輸器械、糧襪的陜甘回民，以及隨軍作生意的回民小商販。乾隆二十三年(1758)，清廷平定準噶爾叛亂后，清政府在 "屯兵戌邊"的同時，實行"移民實邊"方略，自嘉慶至咸豐的60余年中，從陜、甘一帶遷至 北疆不少民戶，這些人中有些以后流落到焉耆。由于開都河水源充足，河兩岸土地肥沃，牧草遍地，牛羊成群，是個適于生存的好地方，人們便定居了下來。據(jù)現(xiàn)年80歲的回民老人馬俊說：他的老家在陜西，遷住焉耆至今已是第八代。他的爺爺在世時，給子孫們講全家遷來焉耆的情況：先住北疆，后聽到人們講焉耆富庶，平地上流淌著一條大河水，城四周是割不完的柴草，莊稼地邊能放牛羊，是個過日子的好地方，便舉家來到此地。那時每年都有十戶、八戶的人遷來。以后清政府從臨潭、固原地區(qū)遷來制船的木匠和船夫，還在這里修了禮拜寺，回族人口逐漸增多。道光二十三年(1843)，經(jīng)喀喇沙爾辦事大臣全慶奏請清廷撤回屯兵丁口302人，改招西寧、臨夏、固原、平?jīng)鲆粠泶说幕孛裆特溇鞂俳賾舾N屯兵田。以后不斷有退伍的兵丁留下來，在這里務農(nóng)、放牧、經(jīng)商、營工謀求生存發(fā)展。世代相傳繁衍不絕，逐漸變成當?shù)氐耐林?，自稱口外人。

　　光緒三年(1877)，陜西渭南回民起義領袖之一白彥虎(后投靠阿古柏侵略者)與清軍對抗15年，終遭失敗，在清兵追擊下，通過焉耆西撤。清軍把浩罕侵略者阿古柏從烏魯木齊、哈密、吐魯番各城裹脅的回族、蒙古族群眾及白彥虎余部安置在焉營。左宗棠請示清廷設立撫揖善后局，資助這些人在此地定居生活，主持撫揖善后工作的費道周，還從關內(nèi)招募回民數(shù)百戶，資助耕牛、農(nóng)具、種子及生活物資，讓其定居。僅此兩項共安置回民男2200余丁、女1600余口。這是遷入焉營的最大的一批陜西回民，這些人初到焉耆經(jīng)營農(nóng)牧業(yè)和商業(yè)。

　　光緒二十年(1894)，青?；孛耦I袖馬琳、韓文秀、馬驥、劉同春(又稱劉四、劉四伏)、冶諸麻等率數(shù)萬群眾，反對清政府的民族壓迫和苛捐雜稅在河湟起義，在清軍追剿堵?lián)粝?，轉(zhuǎn)戰(zhàn)于循化、河州、狄道、西寧，后出水峽，取道青海柴達木，受盡饑寒之苦，輾轉(zhuǎn)到新疆羅布泊，在和爾昂(地名)，劉四等戰(zhàn)敗被俘，義軍失敗，清政府收撫數(shù)千人。這批人員先被安置在尉犁蒲昌一帶，后轉(zhuǎn)移鐵干里克。因該地當時沙荒遍地，人煙稀少，年年欠收，人們生 活困苦，不多幾年，部分人逃走。光緒二十九年(1903)，焉耆知府劉嘉德將他們遷到開都河南岸水草肥美的馬場臺(原是官辦養(yǎng)馬草場)，并將此地命名為撫回莊?，F(xiàn)在城南郊的西寧回民，就是這部分人的后裔。

　　民國17年(1928)，甘肅固原地區(qū)回族新老教派掀起爭戰(zhàn)，不少人流離失所，有些人流入焉耆定居。

　　民國22年(1933)，隨馬仲英人疆的回族兵，部分留居在焉營。

　　民國28年(1939)，甘肅固原發(fā)生大地震，有不少固原回民來焉耆尋親落戶。

　　國民黨軍隊人疆后，有不少開小差和被裁減的回民官兵也在焉耆落戶。

　　新中國成立后，更有不少甘肅、青海和寧夏的回民尋親訪友，來此落戶。

　　1953年第一次全國人口普查時，焉耆縣有回族人口9112人。到1990年第四次全國 人口普查時，全縣回族人口達24209人。