巴里坤哈薩克自治縣是新疆維吾爾自治區(qū)東北部的一個邊境縣，位于天山山脈東段與東準噶爾斷塊山系之間的草原上，地理坐標為東經(jīng)91°19′30″～94°48′30″、北緯43°21′～45°5′19″,東鄰伊吾縣，南接哈密市，西毗木壘哈薩克自治縣，北界蒙古人民共和國，中蒙國界長達309公里。全縣總面積38445.3平方公里，縣境東西長276.4公里，南北寬180.6公里。縣城西距新疆維吾爾自治區(qū)首府烏魯木齊市595公里，東南離哈密行署所在地哈密市131公里。
　　巴里坤縣奇特的地形地貌，可以說是新疆地形特征的一個縮影。
　　巴里坤縣的地勢，東南高，西北低，受地質構造控制，大體可以分為高中山地、高原、盆地、戈壁荒漠、湖泊五大類。